为了避免污染，一般的细胞培养需要在超净台上进行。用于细胞培养的超净台的洁净度一般为100级，即每立方英尺中大于0.5um的颗粒数量少于100颗，与计算机硬盘的生产环境要求相当。
在超净台内，过滤后的空气垂直由上到下，或水平由内到外稳定的流动，从而维持一个洁净的操作环境。根据气流的方向，超净台可分为垂直式层流和水平式层流两种类型。
在水平式层流型超净台内，过滤后的空气由内到外流动，在操作过程中比垂直式层流型更容易维持一个洁净的环境，减少污染的机会。但是由于气流吹向实验操作者，增加了实验操作者感染病原体的机会，所以大部分实验室都采用垂直式层流型的超净台。
在普通的垂直式层流型的超净台内，过滤后的空气自上往下流动，通过操作面板前后两排开孔直接排出。这样的超净台比较便宜，但是不适合病原体相关的实验操作。相关病原体的操作必须要在生物安全柜内进行。在生物安全柜内，自上而下的过滤后的空气经过超净台，然后再次过滤后，才被排到外面，从而大大减少了病原体扩散的机会。当然生物安全柜比较贵，但考虑到培养的细胞中以及血清中都有可能有病毒等病原体的存在，有条件的实验室应该尽量使用生物安全柜来进行细胞培养。
超净台需要定期检查，超净台的空气过滤系统也需要定期更换，以保证超净台内的洁净度。空气过滤系统的更换次数可以询问生产厂家。如果有洁净度检测设备的话，可以非常迅速的检验超净台的洁净度。如果怀疑细胞培养过程中的污染是由于超净台内洁净度降低引起的，可以用将一个含微生物培养基的培养皿在超净台内敞口放置一段时间，然后在37℃培养的方法来评估。
超净台内一般都有紫外线灯用于灭菌。紫外线灯的正确使用方法是在超净台使用前打开半小时左右。有的操作人员在不使用超净台的时候把紫外线灯一直打开，这样不但没有必要，而且会大大缩短紫外线灯的使用寿命。紫外线灯要根据生产厂家的说明定期更换。
超净台使用完之后要先用蒸馏水擦拭，然后再用70%酒精擦拭。直接用70%酒精擦拭溅在台面上的培养液会在不锈钢台面上留下难以去除的污渍。